A Duna európai viszonylatban a Volgát követően a második legnagyobb folyó Közép-Európa déli részének vizeit vezeti le. Hosszúsága a forrástól a torkolatig 2860 km. Igazi nemzetközi folyó, 9 ország határát érinti, vagy keresztezi. Országunkat megközelítően a középső, 1434-1851 fkm közötti szakasza érinti.
A Duna Rajkánál lép be Magyarországra és Mohács város alatt hagyja el az országot.
Középszakasz jellegű, azaz elsősorban a márna, másodsorban a dévér szinttájba sorolható. Ennek megfelelő a halállománya is. Duzzasztás a magyarországi szakaszon nincs. Legnagyobb szigetei a Szentendrei sziget, amely Budapest fölött ér véget és a Csepel sziget, amely a főváros déli részénél indul. Utóbbi bal oldala melletti ága a Ráckevei Duna-ág, amely felül a Kvassay, alul a Tassi zsilippel van elzárva, tehát állóvíz jellegű.

A Duna-völgy geológiája

A Kárpát-medence legnagyobb részét a geológiai harmadidőszakban tenger borította. Utolsó tengere - a Pannon-tenger - a harmadidőszak vége felé, az alsó pliocén korszak végére lassan és fokozatosan megszűnt úgy, hogy az utána következő felső pliocén korszakban összefüggő vízfelület csak a mai Kisalföldön, valamint a Dráva-Szávaköz és a Tiszántúlon volt jellemző. Amikor a Pannon-tenger megszűnt, változó mértékű földszerkezeti mozgások: emelkedések és süllyedések következtek be. Ezeknek a földszerkezeti mozgásoknak eredményeképpen, valamint a vizek erodáló és feltöltő hatására a pannon utáni korszakban a felső pliocénben kialakult a mai vízrendszer őse. A Kárpát-medence mai elrendezésű vízhálózata a harmadidőszak ősi vízrendszeréből három nagy szerkezeti változás következtében alakult ki:

1. A harmadidőszak végén, a felső pliocénben kb. 2-2,5 millió évvel ezelőtt, a Keleti-Alpok és a Nyugat-Kárpátok lezúduló vizeit a Duna őse a mai Dunántúlon át észak-déli irányban, több ágban vezette a drávai süllyedék felé. A Kárpát-medence kezdetleges ősi vízrendszerében fokozatos változás akkor következett be, amikor a drávai mély meder feltöltődött és az alföldi mély medence megélénkült további süllyedése fokozatosan keleti irányba terelte a vízrendszert. Ekkor a töréseken át és azok mentén kialakult a visegrádi áttörés, majd a visegrádi Duna-szakasz. A visegrádi áttörésen most már átfolyó "Ős-Duna" a mellékfolyóival együtt a mai Zagyva-torok felé törekedett.
Ekkor tehát az "Ősduna" két részben folyt az al-dunai áttörés felé: az egyik keleti irányba a mai Zagyva-torok felé a másik pedig a Dunántúlon át dél felé a drávai süllyedt medence felé. csak a Dunántúli - középhegység és a Gleichenberg - Keszthely közötti terület megemelkedésekor vált el a Duna és a Dráva vízrendszere egymástól, és mindkettő külön-külön tartott a dél-alföldi mélyedés, majd onnan a Vaskapu felé, ahová a mai Zagyvától keletre eső hegységkeret vizei is lefutottak.

2. A harmadidőszak és a negyedkor fordulóján, a felső pliocén és a legidősebb pleisztocén korszak határán, kb. 0,8 - 1,2 millió évvel ezelőtt; ismét megélénkültek a földszerkezeti mozgások, de a süllyedés ekkor más területekre is kiterjedt. A visegrádi áttörésen átfolyó "Ősdunát" a Budapest-Cegléd-Tiszaföldvár vonaltól dél-délnyugatra kialakuló süllyedék vonzotta magához, onnan aztán egyenesen folyt a tiszai mélyedésbe. Az "Ős-Duna" ekkor már igen sok üledéket főleg kavicsot hozott magával az Alföldre, mert a Kisalföldön megszűnt a süllyedés és a vízfolyás a feltöltött medencén átmenő völgyben haladt.

3. A negyedkorban, a pleisztocén korszak második felében, a közép és fiatal pleisztocénben újra megélékülő és helyileg áthelyeződött hegység-szerkezeti mozgások voltak, amelyek újabb és gyors változásokat hoztak a medence vízrajzában. A kecskeméti süllyedék feltöltődése után a tőle nyugatra levő kisebb süllyedékek egymás után magukhoz vonzották az "Ős-Dunát", és a pleisztocén vége felé a Bugyi-Fülöpszállás-Kalocsa vonalban lesüllyedt medence végleg észak-déli irányúvá változtatta a folyását. Közben a Bácska is megemelkedett, és ez végleg megszabta az "Ős-Duna" folyásirányát.